Den 18e januari 1671 satte den walesiske piraten Henry Morgan eld på den ursprungliga Ciudad de Panamá efter att skövlat staden. Efter att han marscherat sina 1400 pirater genom djungeln besegrade Morgan snabbt den överraskade milisen i staden. Ingen hade förväntat sig att piraterna, från Atlantsidan, skulle anfalla staden som låg på Stilla Havs-kusten.
En betydande del av befolkningen miste livet i plundringen och den följande branden. Staden återuppbyggdes, men inte på exakt samma plats. Ruinerna av den gamla staden står fortfarande kvar där idag. Henry Morgan var en av de mest framgångsrika manliga piraterna genom tiderna, och är ganska ovanlig i det att han inte slutade sina dagar i galgen, utan som en rik man.
Eftersom Spanien och britterna inte var i krig vid anfallet av Panama bestraffades Morgan med ett symboliskt fängelsestraff (och en fest). Brittiska myndigheter skulle senare utnämna honom till guvernör över Jamaica och Port Royal.